ホームページやシステムは作って終わりではありません。
公開、または運用を開始してからが本当のスタートです。
ホームページやシステムは、そもそも何らかの目的のために作成したものですよね。
ホームページであれば、ネット経由で会社の商品やサービスを広く情報発信するためですし、社内システムであれば社員が利用して効率が上がる、またはお客様向けのサービスが向上する、などの目標を実現するため、ということになるでしょう。
このように継続的に利用していくものについては、実際に使いながら「良くないところや使いにくいところを随時改善していく」ことが重要になってきます。

プロと呼ばれる人たちの道具は、自分たちの使いやすいように色々な工夫がされています。
例えば、大工さんが使う様々な道具。
取っ手が長過ぎるようなら端を削ったり、すべりやすいようなら滑り止めの布を巻いたりと、もとの道具の機能は残しつつ、自分に合うようにカスタマイズしていくわけですね。
ホームページやシステムは、会社の業務を進めていく上での「道具」です。
使っていく上で不都合が出てくれば、それを改善して「よりよいもの」「さらに使いやすいもの」へと発展させていくことが不可欠です。

これからホームページやシステムを開発しようとお考えの方は、運用をはじめた後の改善費用のことも考えてトータルのコストを考えておくべきでしょう。
初めに予算を組んだら、初期開発に半分を、残りの半分を運用に充てるくらいの配分をしておいても良いと思います。(当初から、この部分を二次開発として計画するお客様もいらっしゃいます)
運用がはじまると、様々な問題が発生してきます。
もちろん、事前にシミュレーションを行なうはずですし、利用者に対する教育や実習、トラブル発生時の対応方法の検討も行なわれているでしょう。
ただ、これら事前に予測できる問題については対応策を検討できるものの、細かな問題は事前の予測が難しいですし、いざとなったら「現場でなんとかする」ということしかありません。
例えば、
・必要な集計項目を見ることができない
・ある項目を決めないと、エラーになって次の画面に進めない
・イレギュラーな処理をした場合に、システムにデータを入力することができない

これらは、仕様検討時の要件漏れや実際の業務フローの調査が不十分だったことにより、仕様が異なったり機能が不足していることによるものです。(小さな漏れは、注意していても開発時にはなかなか見えにくいものなのです。)
運用で回避したり、簡単な修正で対応できるものなら影響は少ないのですが、根本的な仕様変更が必要になる場合もあり、改修に大きな時間とコストがかかることもあり得ます。

初期開発に予算のほとんどを使ってしまうと、「いいものはできたけど、運用が始まってから行き詰る」という事態になりかねません。当初の予算は、その金額を算出するために「将来的にどの程度のメリットが得られるか」を考えて決めたはずです。
将来的なメリットも得られないうちから、追加の費用が必要になってきてしまうようでは、何のために時間とコストをかけたのかがわかりません。

このためにも、ホームページ作成やシステム開発には、将来を見越したトータルのコストを考えておく必要があります。
このトータルコスト、算出するのはなかなか難しいのですが、「難しいからやらない」ではなく「わかるところだけでも押さえておく」ということが重要です。開発会社は、いくつもの経験を経て、こういうノウハウを持っている人材もいますので、事前に充分相談してみると良いでしょう。